Ohne genauere Beschreibung dessen, was Du konkret machst, wird man Dir nicht helfen können.
Welche Funktion in FL Studio benutzt Du zum Bouncen? Gehst Du über File->Export, Consolidate track, Quick render oder was auch immer?
Wie bindest Du die gebouncten Audio-Samples wieder ein? Als Audioclip, als Sampler? Wie sind die Channel settings der Audio-Samples? Wird an irgendeiner Stelle normalisiert? Laufen Sie über die selben Mixer-Tracks wie vorher das Generator-Plugin? Dann würden Gain-verändernde Effekte vielleicht zweimal angewendet.
Da gibt es noch soviele Unklarheiten, weil FL Studio sehr flexibel ist und viele Möglichkeiten bietet, ein Ziel zu erreichen.
FL Studio kann eigentlich ganz gut, was Du beschreibst, man muss evtl. nur ein paar kleine Dinge bedenken, aber um Dir sagen zu können, welche genau, dazu braucht es mehr Informationen.